第一批进入临床的AI设计药物怎么样了?

作者: 智通转载 2024-02-14 08:30:22
AI制药公司正在经历前所未有的压力和磨难,但他们积极调整管线,断舍离,急转头,快速推进新的管线进临床,逆境生存。

曾几何时,AI制药概念风靡,第一批先驱们希望可以利用人工智能技术、更短的时间、更低的成本创造出质量更高的药物。

然而,多年过去后,第一批进入临床的AI设计药物接连受挫。AI制药公司正在经历前所未有的压力和磨难,但他们积极调整管线,断舍离,急转头,快速推进新的管线进临床,逆境生存。

本文,我们走进四家AI制药先驱公司,看看他们经历了怎样的挫折和战略调整,未来又有哪些管线带来新的希望。

01AI制药先驱Exscientia临床管线大换血

Exscientia是一家成立于2012年的英国老牌AI制药企业,为了实现药物设计自动化的理念,Exscientia搭建了三大技术模块,包括CentaurAI、Centaur Biologist、Centaur Chemist,通过这三大技术模块,Exscientia能够实现更快速、更高效的开发药物。

2023年10月份,Exscientia公司宣布因疗效达不到预期即将终止癌症候选药物EXS-21546的I/II期研究。

EXS-21546是由Exscientia利用其人工智能驱动的平台和Evotec公司提供的生物学和化学能力共同发明和开发的A2A受体拮抗剂。

此前,EXS-21546在健康志愿者1a期研究的顶线数据表明:EXS-21546可靶向抑制A2A受体信号传导,是一种高效价、选择性、中枢神经系统(CNS)暴露量低的A2AR拮抗剂。

然而,这并不是Exscientia公司第一次终止药物临床研究。DSP-0038是Exscientia和住友制药共同开发一款5-HT1A受体激动剂和5-HT2A受体拮抗剂,用于治疗阿尔兹海默症,也因临床疗效达不到而被终止临床。DSP-1181是由Exscientia和住友制药共同开发的一款用于治疗强迫症(OCD)的长效血清素5-HT1A受体激动剂,于2020年1月在日本启动了I期临床研究,是全球首个由人工智能设计进入临床的药物。

然而,2022年,因为临床I期的研究并未达到预期标准,DSP-1181已被Exscientia和住友制药停止开发。这些年,Exscientia的管线已经被“大换血”,从最初的EXS-21546、DSP-0038以及DSP-1181换到现在的CDK7抑制剂GTAEXS617、PKCd抑制剂EXS4318、LSD1抑制剂EXS74539和MALT1抑制剂EXS73565等(图1)。目前,Exscientia管线中进展最快的药物是GTAEXS617。GTAEXS617是由Exscientia与GT Apeiron合作设计,具有高效力、选择性、口服生物利用度的新型CDK7抑制剂。

2023年7月份,Exscientia宣布GTAEXS617的1/2期ELUCIDATE研究招募了首位患者,目前正在一项名为ELUCIDATE的1/2期试验中进行测试,用于治疗晚期实体瘤,包括头颈癌、乳腺癌、非小细胞肺癌等癌症。

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图1. Exscientia的研发管线

虽困难重重,但Exscientia还是受到很多大药企的青睐,建立了多项合作伙伴关系,包括与赛诺菲和默克达成的出色交易。Exscientia与赛诺菲的合作始于2017年,两家公司达成了一项价值2.73亿美元的许可协议,专注于发现治疗代谢疾病的双特异性小分子药物。

2022年,Exscientia和赛诺菲还达成了一项研究和许可协议,以开发多达15种肿瘤学和免疫学领域的小分子候选药物。与此同时,Exscientia宣布与默克公司达成一项价值6.74亿美元的新协议,专注于发现肿瘤学、神经炎症和免疫学领域的新型小分子候选药物[3]。

02股价下跌超90% BenevolentAI急需充血

BenevolentAI是一家于2013年在伦敦成立的老牌AI制药公司,拥有独特的BenAI Engine技术,该技术成为他们端到端药物发现产品和知识探索的基础工具。

BenevolentAI通过整合尽可能多的跨领域和不同数据类型的数据,包括组学、分子、实验数据、文献、病理学和生物系统,将这些不同的复杂数据源整合在一起,从而使疾病、基因和药物之间组成关联信息(图2)。

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图2. BenevolentAI的数据库来源

基于此,BenevolentAI专注于药物发现和开发的人工智能平台可以分为四个子模块,包括知识图谱、目标识别、分子设计和精准医学,使用机器学习来释放庞大且不断扩展的生物医学数据领域的力量,以产生对疾病根本原因的新见解。此前,用于治疗特应性皮炎(AD)的药物的BEN-2293一直是BenevolentAI管线中进展最快也最受期待的,然而2023年4月,BEN-2293的II期试验未达到预期治疗效果,减少瘙痒和炎症的次要疗效终点未达到,随后,BenevolentAI也终止了该药物的开发。BenevolentAI的管线也进行了调整,目前其管线中BEN-8744进展最快(图3)。

BEN-8744是一种潜在的同类首创靶向PDE10的外周限制性小分子药物,用于治疗溃疡性结肠炎,BenevolentAI于2023年8月启动了BEN-8744 的I期研究,这项研究的顶线数据预计将于2024年第一季度公布。

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图3. BenevolentAI的研发管线

03迅速调整战略

Relay多条管线齐发Relay Therapeutics是一家成立于2016年的以计算为特色的药物发现公司,基于对蛋白质运动与其功能之间无与伦比的洞察力,整合业内前沿的实验和计算方法,建立了独有的Dynamo平台。

Dynamo平台结合实验和计算两部分,实验部分包括X-ray crystallography、Cyro-EM等解析结构的技术,计算部分中以分子动力学为主(图4)。

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图4. Dynamo平台

Relay的研发管线中也有很多被终止或降低优先级,如2023年Relay在公布第三季度时宣布暂停CDK2抑制剂RLY-2139的进一步开发工作,而且Relay也下调了PI3Ka突变抑制剂RLY-2608和RLY-5836的优先级。2023 AACR会议上,Relay揭露了RLY-2608初步临床有效性数据,研究结果表明:24例可评估患者,仅出现1例unconfirmed PR,临床有效性未达到[6]。

随着RLY-2608和RLY-5836的临床达不到预期结果,Relay也调整了策略,同时开发用于治疗乳腺癌的靶向PI3Ka特定突变如H1047R的抑制剂,该项目还在临床前开发阶段(图5)。

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图5. Relay开发用于治疗乳腺癌的PI3Ka突变抑制剂

目前Relay的研发管线中进展最快的是RLY-4008(图6)。

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图6. Relay的研发管线

RLY-4008(lirafugratinib)是一种有效的、选择性的口服小分子 FGFR2 抑制剂,FGFR2 是一种受体酪氨酸激酶,在某些癌症中经常发生改变。

在临床前,RLY-4008在癌细胞系中显示出 FGFR2 依赖性杀伤,并在体内模型中诱导消退,同时观察到对其他靶点(包括 FGFR 家族的其他成员)的选择性。2023年AACR-NCI-EORTC分子靶点和癌症治疗国际会议上,Relay公布了 RLY-4008在FGFR2 突变的实体瘤患者的初步临床数据,该会议显示了多个亚组的活性,包括 FGFR2 融合肿瘤患者和 FGFR2 突变的 HR+/HER2- 乳腺癌患者。

研究结果表明:截止2023年8月23日,在26例FGFR2融合肿瘤患者中有9例出现确认部分缓解(PR)(ORR为35%),63%的患者缓解持续时间至少为6个月,在10名FGFR2突变HR+/HER2- 乳腺癌患者中有4名达到 PR(ORR为40%),所有反应者的反应持续时间至少为6个月,最长反应持续时间为 72 周,在34名FGFR2扩增患者中有8名出现PR(ORR为24%),43%的反应者反应持续时间至少为6个月。

04姜还是老的辣

Recursion股价已从低谷回升近100%

Recursion Pharmaceuticals是一家成立于2013年的结合使用先进的成像技术和人工智能技术的生物制药公司,通过运用计算机视觉技术来处理细胞图像,分析细胞特征来评估疾病细胞药后反应。Recursion拥有专有的AI驱动药物发现平台Recursion OS,Recursion OS由三部分组成:基础设施层(The Infrastructure Layer)、Recursion数据宇宙(Recursion Data Universe)、Recursion映射(Recursion Map),采用先进的成像技术和人工智能技术进行高通量的细胞模型实验,提高效率。

2022年10月,Recursion在提交给美国证券交易委员会(SEC)的文件中表示将结束REC-3599的开发,这是一种用于治疗GM2神经节苷脂沉积症的候选药物。REC-3599是口服的具有CNS渗透性的靶向PKC-β和GSK3β的小分子抑制剂,它的前身为礼来的Ruboxistaurin,2015年,Chromaderm从礼来获得了Ruboxistaurin的权利,而 2019年12月Chromaderm将Ruboxistaurin全球开发许可转让给了Recursion,Recursion开发成REC-3599。

Recursion基于核心技术平台Recursion OS开发了多个项目,专注于罕见病和肿瘤领域。除了REC-3599之外,Recursion还有几款药物在临床开发阶段,如用于治疗家族性腺瘤息肉症(Familial Adenomatous Polyposis,FAP)的REC-4881、用于治疗2型神经纤维瘤病(Neurofibromatosis Type 2)的REC-2282以及用于治疗脑海绵状畸形(Cerebral Cavernous Malformation)的REC-9942(图7)。

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图7. Recursion的研发管线

REC-4881是Recursion于2020年5月从武田制药公司获得的一款口服的、非ATP竞争性的MEK1和MEK2的变构小分子抑制剂,Recursion通过利用其专有的人工智能药物发现平台Recursion OS,发现了REC-4881作为治疗FAP的潜在候选药物。

REC-4881于2022年7月份获得欧盟委员会授予的用于潜在治疗FAP的孤儿药资格认定。在资本寒冬里,2023年7月,Recursion获得了英伟达5000万美元的投资,消息公布后,Recursion的股价飙升了80%。达成协议后,两家公司计划加速开发 Recursion的生物和化学AI基础模型,并利用英伟达的云服务对模型进行优化,为生物技术和制药公司提供AI驱动的药物发现服务。

近期,Recursion与拜耳达成一项合作协议,获得新靶点许可的潜在同类首创新分子,用于治疗纤维化疾病[9]。

小结

任何一项新技术或者新领域的突破都是曲折的,AI制药亦如此,在披荆斩棘的路上总有人在前行,在行动,希望往往诞生于绝望之间,虽然现在很多AI制药药物折戟于临床,但是还是有很多后继者在补位,未来仍有希望。

本文转载自微信公众号“药渡”,智通财经编辑:徐文强。

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